בתום תקופת ההסבה נבדקים שוב האדמה והגידולים כדי לוודא שאין סימנים לחומרי הדברה וריסוס אסורים, לא בקרקע ולא בתוצרת החקלאית. ישנם מקרים ספורים בהם ניתן לקצר את תקופת ההסבה לשנה, למשל במידה וניתן להוכיח באמצעות תצלומי אוויר שבמשך שנתיים לא עובד השטח או שתוצאות בדיקת הקרקע לא עולות על ערך מסוים.

בגידולים חד שנתיים - בעיקר ירקות, כל זריעה ושתילה שהתבצעה בתוך תקופת ההסבה - גם אם הקציר או האיסוף יתבצעו אחרי תקופת ההסבה - תחשב "גידול בהסבה". רק גידולים שנשתלו או נזרעו בתום תקופת ההסבה יכולים להיקרא "אורגניים".

פיקוח שוטף
על מגדל לקיים רישום מדויק של כל הטיפולים שנעשו בחלקה האורגנית, כולל כל החומרים שהיו בשימוש, מתי ואיפה נקנו. מפקח שמגיע לשטח בודק אם אין חריגה מהסטנדרט בשימוש בחומרים, אם יש עקבות חומרים כימיים, רחף וכו'. כמו כן, מדי שנה מתבצעת בדיקה של הפרי - ביקורת מוצר, שמספקת את ההוכחה הטובה ביותר שהפרי גודל לפי כל הכללים.

בנוסף לבדיקות השוטפות נערכים גם מבדקי פתע, בצורה מדגמית או כשמזהים לקוח עם פוטנציאל בעייתי. בבדיקת פתע לוקחים דגימה מהקרקע או מהפרי. חשוב לציין שכל בדיקות הפרי נעשות על חשבון המגדל (עלות של 380 שקלים) במידה והמפקח חושב שיש לבצען. למגדל אמור להיות אינטרס לעשות הכל כנדרש כדי לא לעורר חשד שעלול לעלות לו בבדיקה.

ביקורות שגרתיות מתבצעות בין פעם לפעמיים בשנה. במהלך הביקורת בודקים את השדות, הרישומים, את מחסן חומרי ההדברה שחייב להיות מופרד ונקי מחומרים אסורים ואת בית האריזה שחייב גם הוא להיות מופרד מאזורים המשמשים לאריזת תוצרת חקלאית קונבנציונאלית, אם קיימת.

פיקוח על מפעלים
לתמהיל המוצר של תוצרת מעובדת ישנו סטנדרט: מינימום של 95 אחוזים מהמוצר אמור להכיל מוצרים אורגניים ומקסימום חמישה אחוזים מוצרים שאינם אורגנים (רק אחרי שהיצרן מוכיח שלא ניתן להשיג את אותם רכיבים אורגניים). ישנם גם מספר רכיבים שלא נכללים בחישוב, כמו מלח. דבר נוסף שבודקים הוא את מקורם של חומרי הגלם והאישור האורגני שלהם, את המחסנים ומרחב הייצור והאריזה.

פיקוח על חנויות
בחנויות עצמן מוכרחה להיות הפרדה בין תוצרת אורגנית לתוצרת קונבנציונאלית. מדף של מוצרים אורגניים יכול להכיל רק מוצרים תחת פיקוח אורגני של אחד מהארגונים המוסמכים. על כל בעל חנות להיות מסוגל להציג את כל הרישומים לגבי ספקים, שחייבים להיות מורשים ותחת פיקוח, תעודות משלוח, שטחי אחסון נפרדים ועוד.

החוק האורגני
השוק הישראלי עדיין פרוץ וכל תהליך הפיקוח הוא וולונטרי בלבד. במדינת ישראל אין עדיין חוק אורגני שניתן לאכוף, והמגדלים, הארגונים והחנויות, שמצויים תחת פיקוח עושים זאת כדי להיות שקופים בעיני הלקוחות שלהם ולחזק את אמינותם ואמינות מוצריהם.

החוק האורגני הישראלי עבר ב- 31 במאי 2005 בקריאה שלישית בכנסת ונמצא כרגע בסטטוס של חיבור תקנות שיאפשרו אכיפה. מה שרלוונטי לגבינו הצרכנים היא העובדה שמרגע כניסת החוק לתוקף, כל מי שימכור מוצר אורגני יהיה חייב בפיקוח וזה חשוב במיוחד כשמדברים על תוצרת חקלאית טרייה כמו ביצים ירקות ופירות שהיום קשה להתחקות אחר מקורותיהם.

התקן הישראלי יתמקד בייצור לשוק המקומי כשהאחראי הבלעדי של הסטנדרט האורגני יהיו שרותי הביקורת של משרד החקלאות. לצורך העניין מתוכנן לוגו נפרד לשוק המקומי בנוסף ללוגו של החברה המפקחת.

ברוב המקרים בכדי לייצא תוצרת אורגנית לחו"ל, התקן האורגני כבר לא מספיק. היבואנים הגדולים ורשתות השיווק השונות, בעיקר באירופה ובארצות הברית, דורשים גם תקן בקרת איכות ובטיחות של המוצר (דוגמא לכך הוא סטנדרט Eurepgap שדורש מערכת לבקרת איכות לתוצרת).

בקרת איכות ובטיחות המזון הם הנושאים החמים בעולם היום. זה כמובן עולה לא מעט כסף אך התקנים השונים מעידים על טיב המוצר. כולנו תקווה שתקנים אלו יהפכו במהרה גם לנחלתם של המוצרים האורגניים המיוצרים לשוק המקומי בישראל.